Sybyl est un célèbre logiciel de modélisation moléculaire développé par la société Tripos. Ce n’est pas un logiciel libre ni gratuit (loin de là!) mais bon, parfois il n’y a pas le choix. Ce logiciel est utilisé dans le cadre de la recherche scientifique et je m’en sert au travail. Il fonctionne normalement uniquement sous RedHat Entreprise (payant également) et j’ai vu qu’une version mac (mais moins complète) venait de sortir.

Bref, pas question pour moi de quitter mon Ubuntu pour une autre distribution. Je me suis donc attelé à la tâche pour réussir à l’installer (et avec l’aide précieuse de collègues, on a réussi). Si vous avez vous aussi Sybyl a installer, vous pouvez donc suivre ces étapes (il faut impérativement une licence pour faire fonctionner le logiciel). Une connaissance minimum de la ligne de commande sous Linux et du fonctionnement de Sybyl (notamment la gestion des licences et des variables d’environnement de Sybyl : TA_ROOT, TA_LICENSE_FILE…) est considérée ici comme acquise.

Pour plus de sécurité, je vous conseille tout d’abord d’enregistrer le contenu du cd Tripos Bookshelf dans un répertoire (ça m’a personnellement servi, vous verrez plus tard pourquoi)

Ensuite, insérez le DVD de Sybyl (je parlerais ici de la version 8.0 de Sybyl, mais ça doit être à peu prêt la même démarche pour les versions précédentes).

Sur le CD, il y a un script « install.sh » à lancer. Si on lance ce script dans le terminal, l’installation débute correctement mais échouera avant la fin. Ce script n’est pas écrit en « bash » mais en « ksh ». Il faut donc tout d’abord installer le paquet ksh, puis lancer le script via la commande

ksh install.sh

Vous aurez peut être des messages d’erreur sur des dossiers manquant du style xxx/tmp/INSTALLxxx (je n’ai plus le chemin exact en tête). Il faudra alors créer ce dossier tmp en root et lui donner les droits d’écriture pour tout le monde.

Ensuite l’installation devrait commencer. Une fenêtre graphique d’installation s’ouvre. Une fois toutes les options configurées, cliquer sur le bouton Install et c’est parti. Au milieu de l’installation, il vous demande d’insérer le cd de Tripos Bookshelf. Il faut donc en théorie éjecter le DVD pour mettre le CD de Bookshelf. Or chez moi l’ejection du DVD ne fonctionnait pas, d’où l’intérêt d’avoir enregistré le contenu de Bookshelf sur le disque dur avant. Il suffit d’indiquer le chemin du dossier enregistré pour l’installer, sans avoir besoin d’éjecter le DVD. C’est un peu tordu mais ça marche.

Une fois l’install finit, lorsque l’on lance Sybyl, un message d’erreur apparaît: il manque en effet la librairie libXm.so.3. Pour résoudre cela, il faut installer le paquet libmotif3

De plus, un autre problème m’est arrivé lors d’une installation sur un autre poste, c’est cette fois la librairie libtiff.so.3 qui posait problème. Par défaut, j’avais la version 4 d’installée dans usr/lib.
Il faut alors se placer dans /usr/lib et créer un lien symbolique :
ln -s libtiff.so.4 libtiff.so.3

Voilà, ça devrait fonctionner maintenant. Si vous avez des problèmes, n’hésitez pas à laisser un commentaire. Bonne modélisation!